Bulgakov több mint tíz éven keresztül dolgozott A Mester és Margaritán, amelynek 1928 és 1940 között számos változata született. A mű ma is ismert verziója nem sokkal az író halála előtt született meg, amelyet Bulgakov betegen, ágyban fekve diktált le feleségének.

A regény a Sátán történetével indul, aki Woland professzor személyében, a fekete mágia szakembereként jelenik meg Moszkvában. Rögtön érkezése után szóba elegyedik Berlioz lapszerkesztővel és Ivan Nyikolajevics költővel, akik a „Sör, ásványvíz” feliratú, tarkára mázolt bódé előtt meleg kajszibarack szörpöt iszogatnak, és Jézus Krisztusról beszélgetnek. Woland professzor megjósolja, hogy Berlioz még aznap este meghal, Ivan elmegyógyintézetbe kerül, majd elmeséli nekik Jézus és Pilátus találkozásának történetét. A Sátán jóslata bekövetkezik: Berliozt lefejezi egy villamos, Ivan pedig tébolyodottan üldözni kezdi Wolandot, ezért beviszik Sztravinszkij professzor elmeklinikájára.

Ivan itt találkozik a Mesterrel, aki Poncius Pilátusról írott regénye miatt került be az intézetbe. A Mester elmeséli Ivannak élete történéseit, a Margaritához fűződő szerelmét, majd folytatja a Woland által elkezdett történetet Pilátusról, Jézusról, Júdásról és Lévi Mátéról. Eközben a Sátán feketemágia-bemutatót tart a Varietészínházban, majd bált szervez a megboldogult Berlioz lakásán, amelyen Margarita boszorkányként és a bál háziasszonyaként segíti a Sátánt. Cserébe azonban Woland visszaszolgáltatja neki szerelmét, a Mestert. Sőt, az elégetett Pilátus-regényt is előteremti. A Mester és Margarita földi boldogsága ugyan hamar véget ér, de valahol a valóságon túl folytatódik: Jézus kérésére Woland magához veszi mindkettejüket és örök nyugalommal jutalmazza őket.

Bulgakov regényében egymásba fonódik a realitás a fantasztikummal, az irónia a morális kérdésekkel, a groteszk hangvétel az ideológiai felvetésekkel, a hiedelemvilág a harmincas évek Moszkvájának valóságával, a múlt a jelennel. A Mester és Margarita olyan utazásra hív minket, amelynek sodrása, a valóságos és a káprázatos történések kavalkádja, Moszkva májusi tikkasztó levegője és a Sátán báljának álomszerű képei sok év múltán is élni fognak bennünk.